Con excepción de los crímenes de lesa humanidad y de los delitos de genocidio, desaparición forzada, ejecución extrajudicial, violencia sexual, tortura y desplazamiento forzado, que son competencia exclusiva de la Justicia ordinaria, todas las demás infracciones al derecho internacional humanitario (DIH) que cometan los militares en el marco del conflicto armado serán de competencia de la Justicia penal militar, que las investigará y juzgará bajo las normas del DIH y no de los derechos humanos. Muchos casos venían en la Justicia ordinaria. El acto legislativo le dio un año a la Fiscalía para decidir cuáles pasan a la Justicia militar.
